Para la temporada 2025 el uniforme siguió siendo de Marathon. Los auspiciadores de la camiseta fueron Apuesta Total en la parte frontal central, San Carlos en el pecho, Fos-hepan forte en los hombros, Jetour en la parte superior de la espalda y Anypsa en la parte baja de la espalda.
Fabián Bustos dirigió los 14 primeros partidos del año (5 amistosos, 2 por la Copa Libertadores y 7 por el Torneo Apertura), con un saldo de 8 victorias, 3 empates y 3 derrotas (dos de ellas en la Libertadores). Piero Alva y Manuel Barreto dirigieron los dos partidos siguientes a la salida de Bustos (victorias sobre Deportivo Binacional en Juliaca por el Torneo Apertura y sobre Barcelona S.C. en Guayaquil por la Libertadores). Luego llegó Jorge Fossati para dirigir 32 partidos hasta el final de la temporada, con un saldo de 19 victorias, 8 empates y 5 derrotas. En el Torneo Apertura dirigió 10 partidos (5 victorias, 2 empates y 3 derrotas), en la Libertadores fueron 5 encuentros (una victoria, 3 empates y una derrota) y en el Torneo Clausura los 17 compromisos (12 victorias, 4 empates y una derrota). Con Fossati en el banco clasificamos a octavos de final de Copa Libertadores y ganamos el Torneo Apertura, el Torneo Clausura y el tricampeonato nacional.
30 jugadores se pusieron la crema en 2025. De la temporada anterior quedaron Hugo Ancajima, Sebastián Britos, Horacio Calcaterra, Aamet Calderón, Yuriel Celi (presente solo en 2 amistosos de inicio de temporada), Jairo Concha, Aldo Corzo, Gabriel Costa, Matías Di Benedetto, Gustavo Dulanto (hasta el final del Torneo Apertura), Edison Flores, Jorge Murrugarra, Martín Pérez Guedes, Andy Polo, José Rivera, Williams Riveros, Rodrigo Ureña y Alex Valera. Fueron promovidos Sebastián Flores, Rafael Guzmán, Sebastián Osorio y Nicolás Rengifo. Finalmente, se incorporaron a la institución el ecuatoriano José Carabalí, Jesús Castillo (para el Torneo Clausura), el argentino Diego Churín, César Inga, Paolo Reyna, Anderson Santamaría (para el Torneo Clausura), Miguel Vargas y el ecuatoriano Jairo Vélez.
De los 46 partidos disputados en el año se ganó 29, se empató 11 y se perdió 8. Se jugaron 5 amistosos (Junior de Barranquilla, Once Caldas, la Selección de Panamá, Inter Miami C.F. y El Nacional de Ecuador), 8 por la Copa Libertadores (Barcelona S.C., Independiente del Valle y River Plate en la fase de grupos y Palmeiras en los octavos de final, con un saldo de 2 victorias, 3 empates y 3 derrotas), 18 por el Torneo Apertura (11 victorias, 4 empates y 3 derrotas) y 17 por el Torneo Clausura (12 victorias, 4 empates y una derrota).
Se marcaron 79 goles (el goleador fue Alex Valera con 18, seguido por José Rivera con 13, Jairo Concha con 9 y Diego Churín con 6), y se recibieron 38 (33 encajó Sebastián Britos, 4 Miguel Vargas y uno Aamet Calderón). Nuestros jugadores vieron 101 tarjetas amarillas (11 de José Carabalí, 8 de Matías Di Benedetto y Jairo Vélez y 7 de Jorge Murrugarra y Alex Valera) y 8 tarjetas rojas (2 de Williams Riveros y una de Sebastián Britos, José Carabalí, Gustavo Dulanto, Andy Polo, José Rivera y Jairo Vélez).
La mejor racha estuvo conformada por 8 partidos ganados de manera consecutiva, entre la octava y la decimosexta fechas del Torneo Clausura: 2 a 1 sobre FBC Melgar en Arequipa el domingo 14 de septiembre, 2 a 1 sobre UTC en Trujillo el sábado 20 de septiembre, 3 a 2 sobre Cusco F.C. en el Monumental el sábado 27 de septiembre, 2 a 0 sobre Alianza Atlético en Trujillo el miércoles 1 de octubre, 3 a 0 sobre Juan Pablo II College en el Monumental el domingo 5 de octubre, 2 a 1 sobre Ayacucho F.C. en el Nacional el lunes 20 de octubre, 1 a 0 sobre los pavos en el Nacional el jueves 23 de octubre y 2 a 1 sobre ADT en Tarma el domingo 26 de octubre.
El año futbolístico empezó con un amistoso jugado en Barranquilla contra Junior el martes 14 de enero de 2025 (victoria por 3 a 1 con goles de Yuriel Celi, Gabriel Costa y Diego Churín), y se cerró el sábado 22 de noviembre de 2025 ante Los Chankas CYC en Andahuaylas, por la decimonovena y última fecha del Torneo Clausura (derrota por 3 a 1). Dos partidos antes del final, el domingo 26 de octubre de 2025, nos habíamos coronado tricampeones nacionales al vencer por 2 a 1 al ADT en Tarma.

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